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Objectives of Teachings

This 18-hour module provides an introduction to the Python programming language.

Python is a modern, powerful and very accessible programming language for non-specialists. Today, it is used in many fields, both in the research world or in companies. It is a language that goes to the essential, minimizing technical constraints which makes it an ideal language to learn programming. It can help to solve a problem in a few lines of code. However, it can also be used for larger projects. It is free and open-source, and it can used under the main operating systems such as Windows, MacOS or Linux.

Courses will take place in the room 202 of ISEM. You must take your laptop. The Wifi Internet access should be available using your student card identifiers.

Prerequisites

This course is for beginners and does not require any special computer skills. Computers will be available in the classroom, but it is highly recommended to have your own personal computer (PC or Mac) in order to do the exercises and to performed the final project.

1. Monday September 2nd | 13:00 - 16:00 (+3h)
   • Why Python, first lines of code
   • Manipulate the variables
   • Tutorial 1 (exercises)
     
     
2. Tuesday September 3rd | 13:00 - 16:00 (+6h)
   • Use of functions, logical conditions
   • Create a simple game in Python
   • Tutorial 2
     
     
3. Tuesday September 17th | 13:00 - 16:00 (+9h)
   • Loops, lists and dictionaries (part 1)
   • Tutorial 3
     
     
4. Thursday 19th | 13:00 - 16:00 (+12h)
   • Loops, lists and dictionaries (part 2)
   • Tutorial 3
     
     
5. Monday September 30th | 13:00 - 16:00 (+15h)
   • Access and manage files content
   • Tutorial 4
     
     
6. Tuesday October 1st | 13:00 - 16:00 (+18h)
   • Create graphical interfaces : use of TKinter
   • Tutorial 5

• Python

1. Manipulate the variables, functions
2. Logical conditions and loops
3. Loops, lists and dictionaries
4. Files
5. Graphical interfaces

Send me an email (croce@unice.fr) with your work, before these dates

• Write the instructions of a project : before Sunday October 13 0:00pm

Imagine a problem that needs to be solved using Python. This problem must be related to your Master's degree in economics, for example, it may involve sorting and calculating data contained in a file. Your instructions do not need to mention any technical concepts and have to be a “realistic”. If required, you can also provide one or more files with some values in a table-like format. ⇒ For example in .txt format, sorted by rows (separated using \t) and lines

Here some examples (Master GBM 2017 and Master SIED 2018)

• Achievement of the project (a Python program + a short report) : max. Sunday, November 17 0:00pm

ASAP after the October 13, I will send you one of the project from your colleagues. Do the project before the November 17. And send back the program in Python that answers the problem and a small report (ig. a pdf) describing the problematic, how you answered this and how to use your program.

If require, I am still open to questions by emails before these dates

Good luck.

Ce module propose d'apporter les bases informatiques nécessaires au métier d'ingénieur en biomédical. Il se compose de 28 heures d'enseignements réparties en proportions égales entre cours magistraux et travaux dirigés. Ces enseignements ne demandent pas de pré-requis particuliers en informatique, mais l'étudiant devra toutefois être à l'aise avec l'outil informatique. Les concepts du codage numérique de l'information sont d'abord abordés, suivis d'une introduction au fonctionnement des réseaux informatiques et d'Internet. Le langages de programmation C++ est ensuite traité pour une large part du module. Les bases de la programmation C++ sont repris et développées jusqu'à savoir faire des programmes pour modifier des fichiers textes ou des fichiers d'images médicales (format Dicom). Le module s'achève par la réalisation d'un projet noté s'appuyant sur les compétences nouvellement apprises. Ce projet a pour objet la réalisation d'un programme répondant à un problème de biomédical imaginé, mais pouvant survenir réellement dans la vie professionnelle.

• 1/9 (+3h) - Lundi 9 Octobre (9h-12h) - Le codage de l'information
• 2/9 (+6h) - Lundi 16 Octobre (9h-12h) - Réseaux
• 3/9 (+9h) - Lundi 23 Octobre (9h-12h) - Algo - C++
• 4/9 (+12h) - Lundi 6 Novembre (9h-12h) - C++
• 5/9 (+15h) - Lundi 13 Novembre (9h-12h) - C++
• 6/9 (+18h) - Lundi 20 Novembre (9h-12h) - C++
• 7/9 (+21h) - Lundi 27 Novembre (9h-12h) - C++
• 8/9 (+24h) - Lundi 4 Décembre (9h-12h) - C++ / manipulation de fichiers (Salle M2-8)
• 9/9 (+28h) - Lundi 11 Décembre (9h-12h) - Le format Dicom / projets (Salle C12)

Les cours et les TD se déroulent dans la salle “Licence pro Dosi” (bâtiment M) en septembre. Salle C12 (bâtiment chimie, 1er étage) tout novembre. Enfin en Décembre - à déterminer-. . Vous devez prendre votre ordinateur portable (accès Internet wifi en utilisant les identifiants de la carte étudiants).

• Le codage de l'information
• Les réseaux informatiques
• Algorithmique et programmation
• C++
• Les fichiers en biomédical (Dicom)

• TD1 - Algo et réseaux
• TD1 - C++, les variables
• TD2 - C++, les structures conditionnelles
• TD3 - C++, les boucles
• TD4 - C++, tableaux de char, fonctions, tableaux statiques
• TD5 - C++, Manipulation des fichiers

Vous serez évalué sur un projet d'informatique médical / bioinformatique. Il y aura 2 notes qui auront les mêmes coefficients.

Pour la première note, il s'agira de rédiger, de manière individuelle, un projet d'informatique. Ce projet proposera une problématique qui pourrait être réelle et qui peut être résolu (ou aidé/amélioré) au moyen d'un programme informatique écrit en C++. Le sujet du projet est libre avec toutefois un lien direct avec le domaine de votre formation, c'est à dire le biomédical. Il y a sur ce site des exemples de projets proposés par la promotion des M1 GBM de l'année dernière (lien en dessous).
Chaque projet doit être envoyé par email à mon adresse olivier.croce@gmail.com avant le vendredi 8 décembre à 0h. Les projets devront être écrits individuellement et sont personnels (créés uniquement par vous, pas de consigne reprise du net ou d'un autre étudiant par exemple…). La note tiendra compte de la cohérence du projet et de la clarté de son énoncé, sa faisabilité (ni trop dur, ni trop facile), de son originalité.

Ensuite, le lundi 11 décembre pour notre dernier cours, j'attribuerai la moitié des projets, à des binômes que vous aurez constitués. Évidement, ces projets seront attribués à ceux qui ne les ont pas écrit eux-mêmes.
Il faudra rédiger un petit cahier des charges, éventuellement un organigramme/algorithme (le tout dans un .pdf ou .doc ou .odt) et bien sûr le programme lui-même en C++ (fichiers sources et exécutables mis dans un .zip unique).
Les projets seront ensuite à rendre pour le vendredi 2 février 0h, puis notés. Cette deuxième note sera donc la même pour les 2 personnes des binômes.

Bon courage.

• Exemples projets 2015/2016
• Exemples projets 2016/2017
• projets 2017/2018

~~~~~~~~~~~~~~~ ~~ old ~~

• 1/8 (+3h) - Lundi 10 Octobre (14h-17h) - Le codage de l'information
• 2/8 (+6h) - Lundi 17 Octobre (14h-17h) - Programmation Python
• 3/8 (+9h) - Lundi 7 Novembre (14h-17h) - Programmation Python
• 4/8 (+12h) - Lundi 14 Novembre (14h-17h) - Programmation Python
• 5/8 (+15h) - Lundi 21 Novembre (14h-17h) - Programmation Python
• 6/8 (+18h) - Lundi 28 Novembre (14h-17h) - Programmation Python
• 7/8 (+21h) - Lundi 5 Décembre (14h-17h) - Les fichiers Dicom
• 8/8 (+24h) - Lundi 12 Décembre (14h-17h) - Les fichiers Dicom / Réseaux informatiques

Les cours et les TD se déroulent dans la salle informatique au petit Valrose (salle 215) Vous pouvez prendre vos ordinateurs portables si préférez travailler dessus plutôt que les PC de cette salle (accès wifi en utilisant les identifiants de la carte étudiants).

• Le codage de l'information
• Algorithmique et programmation
• Le langage Python
• Les fichiers en biomédical (Dicom)
• Les réseaux informatiques (s'il reste du temps…)

• TD1 - Algo et réseaux
• TD2 - Python
• TD3 - Python
• TD4 - Python
• TD5 - Python et POO
• TD6 - Python et GUI
• TD7 - Python dev.

• Consigne : Consignes projets Licence DORA 2016
• Date limite : Dimanche 22 janvier 2016

Faculty of Medicine, Marseille. Main building, red wing, 1st floor, room 11.

Next Bioinformatics Learnings : March 2015

• Tuesday, March 17. 9h-12h. Sequence Analysis / Retrieved sequences - Blast (⇐ me).
• Tuesday, March 17. 13h30-17h30. Primers and probes design (⇐ me)

• Wednesday, March 18. 9h-10h15. Sampling prep / Next Gen Sequencing (⇐ Catherine Robert)
• Wednesday, March 18. 10h15-12h15. 16S pyrosequencing & Metagenomic (⇐ Dr. Fabrice Armougom)
• Wednesday, March 18. 13h30h-17h30. TD Metagenomic / 16S pyrosequencing & network visualization (⇐ Dr. Fabrice Armougom)

• Thursday, March 19. 9h-12h. Multiple Seq. Alignment & Phylogeny (⇐ Dr. Khalid Elkarkouri)
• Thursday, March 19. 13h30-17h30. TD Multiple Seq. Alignment & Phylogeny (⇐ Dr. Khalid Elkarkouri)

• Friday, March 20. 9h-12h. Assembly and mapping reads from NGS sequencing (⇐ me)
• Friday, March 20. 11h45-12h30. Evolutionary biology: concepts & applications (⇐ Pr. Levasseur)
• Friday, March 20. 13h30-17h30. Genomes annotation (⇐ Dr. Khalid Elkarkouri)

Next Bioinformatics Learnings : February 2015

• Wednesday, February 18. 9h-12h. Sequence Analysis / Retrieved sequences - Blast (⇐ me).
• Wednesday, February 18. 13h30-17h30. Primers and probes design (⇐ me)

• Thursday, February 19. 9h-10h15. Sampling prep / Next Gen Sequencing (⇐ Catherine Robert)
• Thursday, February 19. 10h15-11h15. 16S pyrosequencing (⇐ Dr. Fabrice Armougom)
• Thursday, February 19. 11h15-12h15. Metagenomic (⇐ Dr. Fabrice Armougom)
• Thursday, February 19. 13h30h-15h30. TD Metagenomic (⇐ Dr. Fabrice Armougom)
• Thursday, February 19. 15h30-17h30. TD 16S pyrosequencing & network visualization (⇐ Dr. Fabrice Armougom)

• Friday, February 20. 9h-12h. Assembly and mapping reads from NGS sequencing (⇐ me)
• Friday, February 20. 11h45-12h30. Evolutionary biology: concepts & applications (⇐ Pr. Levasseur)
• Friday, February 20. 13h30-17h30. Genomes annotation (⇐ Dr. Khalid Elkarkouri)

• Monday, February 23. 9h-12h. Multiple Seq. Alignment & Phylogeny (⇐ Dr. Khalid Elkarkouri)
• Monday, February 23. 13h30-17h30. TD Multiple Seq. Alignment & Phylogeny (⇐ Dr. Khalid Elkarkouri)

• Sequences_analysis.pdf (link disabled)
• Oligomers_design.pdf (link disabled)
• Genomes_assemblies_and_finishing.pdf (link disabled)

• finishing_tuto.html (link disabled)
• cap3_tuto.html (link disabled)
• blast_URMITE_tuto.html (link disabled)